La Conservación y estabilización son unos de los objetivos más importantes del Archivo Fotográfico. Con ellos se busca evitar el deterioro de los negativos a causa de la humedad, los hongos y elementos nocivos del medio ambiente y la manipulación.
¿En qué consiste?
· En que los negativos puedan ser adecuadamente limpiados con materiales y equipos especializados para luego ser guardados en sobres y cajas antiácidas (que no permitan la entrada de humedad ni otros elementos dañinos).
· En que los negativos se encuentren almacenados un lugar adecuado con deshumedecedores y aire acondicionado permanentes que eviten los cambios de temperatura y humedad. Además se requiere de sistemas de seguridad contra incendios e infraestructura adecuada.
El 2000, se inició el trabajo de preservación y estabilización del archivo fotográfico con el apoyo de entidades privadas como el Instituto Peruano Norteamericano y la Universidad Católica del Perú, así como recursos propios. Así, se estabilizó aproximadamente un 25% del archivo fotográfico (16,480 negativos flexibles, 434 negativos de vidrio y 2,140 carnes.

Catalogación del archivo fotográfico

Las cajas se encuentran en una habitación condicionada para evitar humedad y altas temperaturas que puedan afectar los negativos.
Posteriormente, en el año 2005, y con recursos propios se estabilizó 8,831 negativos carnet y 1,370 negativos flexibles.
Finalmente, en diciembre del 2006, la Universidad de Harvard y el Centro de Estudios Latinoamericanos David Rockefeller, patrocinaron el proyecto “Estabilización y conservación del Archivo Fotográfico Baldomero Alejos”. Dicho proyecto, que tuvo como finalidad la estabilización y el equipamiento total del archivo fotográfico, terminó exitosamente a finales de septiembre del 2007.